Dự án được công bố lần đầu tiên vào tháng 1 năm 2013, khi Warner Bros. thành lập một "think tank" hoạt hình cùng với một số đạo diễn và nhà biên kịch nhằm phát triển việc làm phim hoạt hình. Nicholas Stoller được hãng phim thuê để phát triển và biên kịch cho Tiểu đội cò bay, trong khi đó Doug Sweetland được chỉ định làm đạo diễn cho phim.[9] Ngày 20 thang 4, 2015, Andy Samberg và Kelsey Grammer được thêm vào danh sách diễn viên lồng tiếng của phim, cùng lúc đó hãng phim cũng công bố Stoller và Sweetland sẽ là đồng đạo diễn cho phim điện ảnh 3D này, ngoài ra Stoller cũng sẽ đảm nhiệm vai trò sản xuất phim cùng với Brad Lewis.[5] Ý tưởng điện ảnh ban đầu của phim được phát triển bởi Warner Bros. Animation.[5] Sony Pictures Imageworks cung cấp dịch vụ hoạt họa cho phim.[10] Keegan-Michael Key và Jordan Peele sau đó cũng được công bố nằm trong danh sách những diễn viên lồng tiếng cho phim.[7] Ngày 15 tháng 6 năm 2016, Jennifer Aniston được công bố là sẽ tham gia dàn diễn viên lồng tiếng.[8]